La variante Omicron B.1.1.529 . Valutazioni e commenti del Ecdc (centro europeo per il controllo delle malattie infettive)
Omicron B.1.1.529 è la denominazione della nuova variante del SARS-CoV-2 selezionatosi in Botswana e poi in Sud Africa.
Il ecdc, centro europeo per il controllo delle malattie infettive, immediatamente ha preso posizione sollecitando i paesi dell’unione ad alzare la guardia nei confronti di una variante ritenuta pericolosa e da tenere sotto controllo.
La variante “Omicron – B.1.1.529” del SARS-CoV-2 si è manifestata, da un sequenziamento in Sud Africa, con un alto numero di mutazioni del “gene S” rispetto al virus originale, causa del Covid-19. Questa variante è stata individuata all’inizio di novembre 2021 prima in Botswana quindi in Sud Africa dove si è diffusa in quasi tutto il paese. Il 26 novembre 2021 la variante è stata designata come “variante di preoccupazione (VOC)” dall’OMS.
La variante Omicron è caratterizzata da 30 mutazione e 3 piccole delezioni nella proteina spike. Di queste 30 mutazioni, 15 si trovano nel dominio di legame del recettore e sono in grado di modificare, in meglio la capacità di entrata del virus nella cellula, e quindi la sua capacità di diffusione.
Dal 26 novembre 2021, anche perché ricercati con sequenziamenti mirati, nuovi casi della variante, legati ai viaggi internazionali, sono stati rilevati anche in Belgio, Hong Kong e Israele. La nuova variante virale ha iniziato la sua corsa il modo silente, ma progressivo.
Di tutte le varianti comparse dall’inizio della pandemia del Covid-19, la variante Omicron è la più divergente dal virus iniziale SARS-CoV-2. Per questo motivo potrebbe essere associata a: [1] maggiore trasmissibilità; [2] riduzione significativa dell’efficacia dei vaccini in commercio nei suoi confronti; [3] aumento del rischio di reinfezioni in coloro che già hanno avuto Covid-19; [4] possibile aumento di patogenicità.
Queste possibilità sono tutte da studiare e ci vorranno alcune settimane per arrivare a delle conclusioni certe. Intanto il virus “Omicron – B.1.1.529” circola in modo subdolo ed i paesi nel mondo devono trovare sistemi concreti per fermarlo, o quanto meno frenare la sua corsa. Per prima cosa occorre bloccare i voli da e per i paesi coinvolti dalla mutazione e controllare coloro che provengono dalle aree a rischio variante.
Valutazione del rischio
Difficile in questo momento fare una corretta valutazione del rischio legato alla diffusione della variante “Omicron – B.1.1.529” nei paesi UE ed in particolare in Italia. Gli studi sono in corso e occorreranno 2/3 settimane per fornire risposte certe relativamente alla trasmissibilità, all’efficacia dei vaccini attuali, al rischio di reinfezioni di coloro che hanno avuto la malattia e al grado di aggressività del virus.
D’altra parte, studiando le prime evidenze nei paesi africani di origine, riguardanti l’alta trasmissibilità, molto maggiore della Delta, ed anche la potenziale capacità di sfuggire alle protezioni immunitarie, come sembra, la probabilità della introduzione del mutante “Omicron – B.1.1.529” nell’UE è stata classificata da ecdc “ALTA” – “MOLTO ALTA”.
Opzioni di risposta
Sulla base delle prime valutazione e sui raffronti effettuati con “modelli di virus realizzati in laboratorio” che hanno sviluppato mutazioni anche minori rispetto alla “Omicron – B.1.1.529”, la probabilità da parte del nuovo virus di eludere le difese immunitarie sviluppate in corso di malattia oppure dai soggetti vaccinati è particolarmente elevata. Per questo motivo occorre alzare nuovamente l’attenzione in tutto il mondo e adottare con efficacia le misure da sempre raccomandate. In particolare, i medici non si devono stancare di raccomandare ai propri assistiti e pazienti l’utilizzo delle misure di protezione personale individuale.
Il primo sistema di studio del fenomeno è la “sorveglianza genomica” ossia lo studio delle sequenze virali nei casi positivi. Solo con questo sistema riusciremo a rilevare precocemente la presenza di questa variante.
Tra i comportamenti da seguire e che le autorità sanitarie dei paesi devono impostare nuovamente: (1) evitare i viaggi da e verso le zone colpite o sospettate di diffusione della variante virale; (2) aumentare i test con il sequenziamento dei casi confermati; (3) rintracciare attivamente tutti i contatti dei casi di COVID-19 legati alla provenienza dalle zone colpite; (4) accelerare sulla campagna di vaccinazione su tutta la popolazione, fortificando con le terze dosi, nei confronti di coloro che sono già vaccinati e spingendo l’opera di convinzione nei confronti di coloro che ancora devono completare il loro ciclo vaccinale o che non hanno proprio effettuato la vaccinazione.
Occorre terminare le dosi di richiamo prima di tutto sui più vulnerabili (malati cronici e immunodeficienti) e sugli anziani. Occorre estendere la campagna booster a tutti gli adulti oltre i 18 anni, possibilmente non oltre i sei mesi dopo il completamento del primo ciclo vaccinale. Attivare la campagna di vaccinazione nei bambini tra i 5 e gli 11 anni. Il vero problema rimane la prenotazione della vaccinazione prima le normali scadenze. Nella regione Lazio i primi posti utili per prenotarsi nelle strutture pubbliche e anche nelle farmacie sono arrivati già a metà gennaio. E questo crea un primo problema, anche se la risposta cellulare linfocitaria, al contrario di quella anticorpale è più duratura e mantiene un certo grado di protezione.
Nazioni attualmente coinvolte nella diffusione della variante “Omicron – B.1.1.529”.
Riguardo alla localizzazione dei primi casi, le sequenze della variante “Omicron – B.1.1.529” sono state individuate in Botswana, Sudafrica, Israele, Hong Kong e Belgio. Tutte le sequenze disponibili sono depositate nel GISAID EpiCoV. E’ certo che molti altri paesi dell’Africa del Sud ma anche centrale cominciano a presentare casi dovuti alla variante in questione, che rimane ancora non evidente.
Fonti sanitarie di Hong Kong affermano che è stato individuato un cluster di due casi di “Omicron – B.1.1.529” legato ai viaggi, sicuramente con diffusione maggiore non controllata in questo momento.
Fonti ufficiali fonti in Israele hanno riportato un caso in un viaggiatore di ritorno dal Malawi, ed altri due casi sospetti da altri paesi africani; il ministero della salute belga ha confermato un caso in un viaggiatore che non era vaccinato.
In Botswana i quattro casi della variante Omicron denunciati erano tutti vaccinati con ciclo completato.
In Sudafrica c’è un forte aumento dell’incidenza dei nuovi casi nella maggior parte delle province del paese, con una crescita esponenziale da metà novembre. La provincia più colpita è quella di Gauteng, dove la variante è stata osservata in più del 50% di tutti i campioni testati negli ultimi giorni. Il sequenziamento di 77 campioni nel Gauteng raccolti tra il 12 e il 20 novembre 2021 ha confermato che tutti sono da ricondurre alla variante “Omicron – B.1.1.529”. La maggior parte dei casi risulta vaccinato. La variante Omicron è già dominante in Gauteng ed è presente, in proporzioni significative, nella maggior parte del Sudafrica.
Per proteggersi dalla diffusione della variante, la maggior parte dei paesi europei ha imposto il divieto di viaggio da e verso il Sudafrica e i paesi circostanti, ossia Lesotho, Botswana, Zimbabwe, Mozambico, Namibia, Eswatini. Ma altri paesi stanno sviluppando sicuramente la variante ed i viaggi continuano in ogni parte del mondo.
Ricordiamo che la capacità di rilevamento delle varianti nella regione africana è complessivamente bassa. Non solo il sequenziamento è basso ma anche la disponibilità dei tamponi è molto limitata. Solo il Botswana e il Sudafrica hanno riportato sequenze da campioni raccolti negli ultimi 30 giorni ad un livello tale da permettere il rilevamento di trasmissione comunitaria di “Omicron – B.1.1.529”. La trasmissione di questa variante non può essere esclusa per altri paesi.
Le proprietà della variante “Omicron – B.1.1.529”
Queste sono, per gli addetti ai lavori, alcune proprietà della variante Omicron:
La variante “Omicron – B.1.1.529” è caratterizzata da 30 cambiamenti di aminoacidi, tre piccole delezioni e una piccola inserzione nella proteina spike rispetto al virus originale (A67V, Δ69-70, T95I, G142D, Δ143-145, Δ211, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F).
Di questi mutazioni, 15 sono situate nel dominio di legame del recettore (RBD) (residui 319-541). Ossia è completamente mutata, a vantaggio del virus, la porzione che consente l’entrata nelle cellule dell’ospite. La variante porta anche una serie di cambiamenti e delezioni in altre regioni genomiche (NSP3 – K38R, V1069I, Δ1265, L1266I, A1892T; NSP4 – T492I; NSP5 – P132H; NSP6 – Δ105-107, A189V; NSP12 – P323L; NSP14 – I42V; E – T9I; M – D3G, Q19E, A63T; N – P13L, Δ31- 33, R203K, G204R).
Questi dati mostrano quante mutazioni ci sono state nel genoma del virus iniziale. Queste mutazioni configurano la comparsa di un virus con caratteristiche molto diverse dai virus precedenti SARS-CoV-2.
Studi riguardanti l’efficacia della copertura immunitaria sui soggetti convalescenti e sui vaccinati.
Sono in corso studi per valutare l’efficacia dell’immunità nei confronti del virus SARS-CoV-2 indotta dalla malattia e dai vaccini realizzati da circa un anno. E’ stata comparata una “variante sintetica di laboratorio”, realizzata con 20 mutazioni della proteina spike, che manifesta una quasi completa elusione nei confronti degli anticorpi sviluppati dai soggetti convalescenti e dai soggetti vaccinati, e la variante “Omicron – B.1.1.529” che presenta invece più di 10 mutazioni nel gene S, rispetto alla variante sintetica. Da questi studi e valutazioni attualmente in corso si aspettano risposte sulla capacità della nuova variante di eludere la capacità neutralizzante degli anticorpi prodotti dai soggetti convalescenti e vaccinati. Tuttavia, ulteriori indagini virologiche e studi sull’efficacia del vaccino sono necessari per valutare fino a che punto la variante avrà un impatto sull’efficacia dei vaccini attualmente in commercio.
Studi riguardanti la trasmissibilità e la diffusione della nuova variante Omicron.
La rapida diffusione della variante Omicron in Sudafrica, che sta velocemente sostituendo la variante Delta dimostra che questo mutante sia significativamente più trasmissibile del Delta.
Studi riguardanti la patogenicità e l’aggressione della nuova variante Omicron.
Gli studi clinici sui soggetti positivi della nuova variante sono in corso. Non ci sono ancora informazioni disponibili per la valutazione di cambiamenti nella gravità dell’infezione associata a Omicron. Ad oggi non sembra che questa variante manifesti sintomi diversi o più gravi rispetto alle varianti precedenti. Alcuni individui positivi alla variante sono risultati asintomatici.
Valutazione del rischio in Europa riguardante la variante Omicron secondo ECDC.
Dal momento che ancora continuano in molti paesi europei i viaggi e gli spostamenti dai paesi in cui sono stati segnalati i casi della variante Omicron B.1.1.529 c’è un’alta probabilità di introduzione della variante SARS-CoV-2 Omicron in Europa. Introduzione sicuramente già iniziata da diverse settimane e ancora non dimostrabile.
Come già detto, oltre che nei paesi africani, la variante è stata confermata anche in viaggiatori in Belgio, Hong Kong e Israele. Questo dimostra che la diffusione della variante è in atto anche se la limitata capacità di sequenziamento per questo nuovo virus, impedisce di evidenziarne la presenza ad oggi.
Le precedenti esperienze con le varianti Alpha, Beta e Delta hanno dimostrato che l’introduzione e la diffusione dei nuovi mutanti avvengono in modo silente, inizialmente ma con grande rapidità.
OMS ipotizza che l’infezione della variante Omicron B.1.1.529 possa indurre, alla popolazione più fragile ed alla popolazione non coperta da immunità, una malattia acuta grave. Non ci sono ancora informazioni sulla patogenicità di Omicron, tuttavia l’allarme lanciato da OMS riguarda la popolazione con più alta probabilità di esiti gravi quali gli anziani, ed i soggetti con comorbidità.
Una variante così diffusiva può dimostrare sicuramente una minore risposta alla azione anticorpale. L’attuale gamma di misure di prevenzione e controllo determinata dalle difese immunitarie prodotte da malattia e vaccinazioni potrebbero non funzionare efficacemente per la nuova variante, come avviene invece per gli attuali virus mutati, in particolare la Delta. Gli attuali vaccini potrebbero quindi non essere così efficaci. Non rimane in questa attuale incertezza che riattivare tutte le misure di protezione quali l’uso delle mascherine per il viso, il distanziamento e scoraggiare quelle attività che portano ad un sovraffollamento in locali al chiuso. Le autorità sanitarie di tanti paesi sono in allarme per la possibilità di un nuovo congestionamento dei pronto soccorsi e delle unità di rianimazione.
Indicazioni degli ECDC ai diversi paesi europei dopo la manifestazione della nuova variante Omicron.
Gli ECDC appena evidenziate le caratteristiche della nuova variate Omicron B.1.1.529 hanno immediatamente indicato a tutti i paesi europei le linee di comportamento a cui attenersi per frenare la possibile diffusione del virus ed evitare conseguenze anche gravi alle popolazioni, in particolare più fragili e non vaccinate o vaccinate parzialmente.
Indicazioni sulle campagne vaccinali:
Il rischio determinato dalla presenza di 30 mutazioni nella proteina spike di Omicron è quello di una elusione alla risposta immunitaria anticorpo-mediata, ossia una drastica riduzione della efficacia dei vaccini, attualmente in uso nei confronti della variante in questione. Rimane la risposta delle cellule linfocitarie sia “helper” che “killer”, sia la risposta dei linfociti T di memoria, diretta verso proteine virali non superficiali a seguito soprattutto di infezione ma anche di vaccinazione. Questo tipo di risposta cellulare offre un’immunità più duratura e meno eludibile da parte dei virus mutanti. Questi studi per verificare la capacità del virus mutante di evitare l’azione neutralizzante degli anticorpi ad anche l’azione cellulare linfocitaria sono attualmente in corso e i dati dovrebbero essere disponibili entro due o tre settimane.
L’invito pressante di OMS a tutti i paesi è quello di accelerare le campagne di vaccinazioni in particolare nei confronti dei soggetti non vaccinati o per coloro che ancora non hanno completato il ciclo vaccinale. Occorre aumentare la copertura della vaccinazione COVID-19 in tutti i gruppi di età ma in particolare negli anziani e nelle persone vulnerabili e ripetere immediatamente le dosi di richiamo nei confronti degli operatori sanitari e in tutti coloro che hanno contatto con il pubblico.
Interventi con i dispositivi di protezione individuale
Il mantenimento o la reintroduzione dei dispositivi di protezione individuale da sempre è stata una delle indicazioni pressanti di OMS per contenere la diffusione del virus, che nel periodo invernale può raggiungere nuovi pericolosi picchi. Dopo la comparsa della variante Omicron, considerata forse la più pericolosa dall’insorgenza della pandemia, anche nei paesi con un’alta diffusione del vaccino, questa pratica è considerata l’unico strumento per frenare la diffusione della nuova variante.
Dobbiamo considerare che le regole che da quasi 2 anni ci siamo dati devono essere nuovamente rafforzate in tutta la popolazione. Occorre (1) utilizzare sempre, anche all’aperto, le mascherine facciali; ritornare più possibile al telelavoro, dove possibile, mantenere un utile distanziamento tra le persone; (3) agire modificando l’organizzazione dei mezzi pubblici per ridurre l’affollamento, con una garanzia di un’adeguata ventilazione negli spazi chiusi; (4) il mantenimento di misure igieniche idonee in ambienti pubblici; (5) fissare numeri di partecipanti idonei ad eventi sociali e pubblici;
Indicazioni sui Test molecolari e sul sequenziamento da effettuare sui campioni positivi.
La sorveglianza genomica è di cruciale importanza per l’individuazione precoce delle varianti, ed in particolare, in questo caso, della variante Omicron. Questa sorveglianza fornisce informazioni sulla presenza e sulla diffusione di questo nuovo virus mutato, ed alla conseguente valutazione del rischio e modalità comportamentale da adottare.
I primi dati sembrano confermare la validità degli attuali test molecolari ed antigenici per lo studio dei soggetti portatori del virus, tuttavia le verifiche di ciò sono ancora in corso.
Uno studio importante è sicuramente il sequenziamento del SARS-CoV-2 Omicron dalle acque reflue da utilizzare come complemento ad altri metodi di monitoraggio sulla diffusione del virus. Anche l’analisi dell’acqua di scarico dei voli in arrivo dai paesi coinvolti può essere utilizzata per rilevare l’introduzione della variante nei paesi europei.
Misure per i viaggiatori indicate dalle autorità sanitarie internazionali
Vista la situazione della nuova variante nei paesi del sud dell’Africa e le prime evidenze di casi che cominciano a manifestarsi in diversi paesi extra africani, (1) evitare i viaggi da e verso le aree colpite note o supposte, (2) aumentare i test molecolari con sequenziamento dei casi confermati (3) spingere sulla ricerca di contatti dei casi di COVID-19 variante Omicron, sono pratiche fortemente consigliate dalle autorità sanitarie internazionali e cominciano ad essere pratiche seguite da molti paesi nel mondo ed europei.
Attualmente non ci sono prove certe che la nuova variante SARS-CoV-2 si stia trasmettendo nei paesi dell’UE e la sua presenza globale, al momento, sembra essere limitata a pochi paesi. La trasmissione e la diffusione silente non può essere esclusa.
Per questo motivo severe restrizioni di viaggio e utilizzo di pratiche sulla popolazione possono ritardare l’impatto della nuova variante per alcune settimane. Questo linea di pensiero prende spunto dai precedenti modelli sulla variante Delta. Le restrizioni a breve termine possono dare tempo ai diversi paesi nel mondo di prepararsi per la nuova variante e affrontare l’attuale recrudescenza del focolaio Delta.
Limitazioni e lacune di conoscenza scientifica
Rimangono ancora molte incertezze scientifiche e lacune nelle conoscenze della nuova variante Omicron B.1.1.529. Per questo motivo sono in corso studi e valutazioni per conoscere e capire a quali rischi reali si può andare incontro. Tra i diversi studi:
– La caratterizzazione virologica, compresi studi di infettività in vitro e studi di neutralizzazione che valutano l’azione di sieri di vaccinati e convalescenti nei confronti del virus;
– Analisi epidemiologiche per stimare i tassi di crescita e diffusione della variante nei paesi coinvolti ed in quelli sospetti;
– Valutazione della gravità di questo ceppo e l’impatto sull’ospedalizzazione e sui decessi;
– L’analisi dell’efficacia dei diversi vaccini in commercio contro Omicron B.1.1.529, effetti diretti e indiretti;
– La protezione incrociata dell’immunità naturale da altre varianti di SARS-CoV-2;
– La mancanza di sequenziamento e di screening con il fallimento del target S-gene in molti dei probabili paesi colpiti significa che la vera prevalenza di questa variante è probabilmente sottostimata e quindi le capacità di implementare le capacità tecniche anche di paesi con strutture inefficienti;
fonti: ecdc – centro europeo per il controllo delle malattie infettive.
Bibliografia prposta da ecdc:
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8. Jens Spahn. Deutschland wird u.a. #Südafrika zum Virusvariantengebiet erklären. Mit Inrafttreten heute Nacht dürfen Fluggesellschaften nur noch Deutsche nach Germaby befördern, außerdem gelten 14 Tage Quarantäne für alle, auch Geimpfte Wir bleiben bei der Einreise vorsichtig. Die neu entdeckte Variante #B11529 besorgt uns, daher handeln wir hier pro-aktiv und frühzeitig. Das letzte, was uns jetzt noch fehlt, ist eine eingeschleppte neue Variante, die noch mehr Probleme macht. Twitter. 26 November 2021 08:45 AM. Available at: https://twitter.com/jensspahn/status/1464138332296863758
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